Weiteres Manko: Der A4 war für längs eingebaute Motoren konstruiert. Nun werden aber die neuen Common-Rail-Diesel von VW quer verbaut. Ein Einsatz im Exeo wird damit weitestgehend unmöglich. So werden die alten Pumpe-Düse-Aggregate noch längere Zeit ihren Dienst tun, wahrscheinlich als 2.0 TDI mit 140 und 170 PS. Aber auch der bereits mit Common-Rail-Technik arbeitende, 240 PS starke Drei-Liter-Diesel ist denkbar. Damit wäre auch die Frage nach Allradantrieb geklärt, da der 3.0 TDI immer mit quattro kombiniert wird. Aber auch andere Motorisierungen werden mit Vierradantrieb erhältlich sein.
Die Auswahl an Benzinern wird sich ebenso mit der des A4-Vorgängers decken. Unter anderem stehen der turbogeladene 1,8-Liter-Vierzylinder mit 163 PS im Regal sowie eine 200 PS starke Zwei-Liter-Variante. Topmodell könnte der 255 PS starke 3.2 FSI werden.